Система Меркурий является неотъемлемой частью оборота ветеринарной продукции, в связи с чем, после завершения регистрации в Меркурий, необходимо очень внимательно подходить к работе в системе Меркурий. Система Меркурий является электронным журналом предприятия или организации. Площадка в Меркурий должна полностью соответствовать реальной, а журнал продукции должен полностью отражать действительное количество остатков продукции.

В системе Меркурий предусмотрены оформление производственных документов, оформление документов на перемещение товара. Таким образом, в системе Меркурий должны отражаться все операции с каким-либо товаром: справки на перемещение, транзакции переработки, ВСД на уничтожение и пр. Участники оборота подконтрольной продукции должны внимательно относится к работе в системе, так как за пренебрежение предусмотрены штрафы, в соответствии со ст. 10.8 КоАП РФ. Так, всем зарегистрированным пользователям в системе Меркурий необходимо осуществлять прием товара и гашение входящих ветеринарных документов (справок) в течение 1 дня с момента приема товара. За несоблюдение данного требования в системе Меркурий, предусмотрена блокировка пользователя и штраф.